清華大學宜蘭園區於95至99年間通過環境影響評估，99年5月依宜蘭縣政府同意補助函為財源，發包雜項工程，開始園區基礎工程建設。惟，清華大學因校務會議決議不動支校務基金投入宜蘭園區開發，而園區募款工作無著，開發工作陷於停頓。
此時，宜蘭大學因現有校地不足，企待擴增，表意希接手園區開發，獲清華大學同意，宜蘭縣政府亦表樂觀其成，101年10月3日教育部召集三方會議研商，訂定宜蘭園區未來發展方向將由清大與宜大合作開發，清華大學保留第7區0.9公頃做為創新育成中心，配合竹科之宜蘭城南基地發展，且最遲應於104年3月底前啟動，否則將予撤案之議定。
其後，清華大學與宜蘭大學於102年7月23日併案提送「國立宜蘭大學城南校區（綠能智慧園）籌設計畫書」，教育部於102年10月15日函復審查意見，2校共同修正後，復以103年3月21日報送修正計畫書到部，經2度審查及修正，於103年6月21日102學年度大學校院設立變更及停辦審議會第3次會議獲原則通過，104年1月28日獲教育部核定准予籌設宜蘭大學城南校區。